فصل اول: کلیــات و پیشینه تحقیق

1-1- بیان مساله. 2

1-2- فرضیات پژوهش…. 9

1-3- اهداف  تحقیق.. 9

1-4- متغیر‌ها 10

1-5- فیزیولوژی معده 12

1-6- سرطان. 12

1-7- مراحل سرطانی شدن معده 13

1-8- انواع مختلف سرطان در معده 16

1-9- عوامل ایجاد کننده سرطان معده 16

1-10- تشخیص سرطان معده 17

1-10-1- آندوسکوپی قسمت فوقانی دستگاه گوارش… 17

1-10-2- عکس قسمت فوقانی دستگاه گوارش و معده و روده 18

1-10-3-اولتراسونوگرافی به روش آندوسکوپی.. 18

1-10-4- سی تی اسکن.. 18

1-10-5- ام اِر آی.. 19

1-11- درمان سرطان معده 20

1-11-1- جراحی.. 20

1-11-2- شیمی درمانی.. 20

1-11-2-1- نحوه استفاده از داروهای ضد سرطان. 21

1-11-2-2 مقاومت دارویی سرطان. 21

1-11-2-3- مکانیسم سلولی مقاومت به دارو. 22

1-11-2-4- عوارض جانبی شیمی‌درمانی.. 23

1-11-3- رادیوتراپی.. 24

1-11-3-1- عوارض جانبی رادیوتراپی.. 24

1-12- آپوپتوز. 25

1-12-1- مسیر گیرنده مرگ…. 26

1-12-2- مسیر میتو کندریایی.. 27

1-13-کاسپاز‌ها 29

1-13-1- انواع پروتئین‌های کاسپازی.. 30

1-14- اسید‌های چرب امگا 3، 6، 9. 30

1-14-1- نقش‌های اسید‌های چرب در بدن. 30

1-14-2- تقسیم بندی چربی‌ها 31

1-14-3- اسید‌های چرب ضروری.. 32

1-14-3-1- امگا- ۳. 33

1-14-3-2- امگا- 6. 35

1-14-3-3- امگا- 9. 36

1-15- پیشینه تحقیق.. 37

فصل دوم: مواد و روشها

2-1- نوع مطالعه. 41

2-2- تعیین حجم نمونه. 41

2-3- انتخاب بیماران. 42

2-4- روش برش انجمادی و رنگ آمیزی ایمنوهیستوشیمی.. 43

2-5- استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 44

2-5-1- مواد شیمیایی مورد استفاده در استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 44

2-5-2 دستگاه‌ها‌ استفاده شده در استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 44

2-5-4- نمونه‌ها‌ 46

2-5-5- محاسبات آماری بررسی میزان بیان نسبی ژن. 46

2-5-6- استخراج RNA.. 47

2-5-7- تهیه بافر TAE.. 51

2-5-7-1- تهیه ژل آگاروز 1 %. 52

2-5-7-2- انجام الکتروفورز. 53

2-5-8- سنتز cDNA.. 53

2-5-9- Real-time RT-PCR.. 54

2-5-9-1- نمودار منحنی ذوب… 58

2-5-9-2- رسم نمودار استاندارد برای Real-Time PCR.. 58

2-5-9-3- کارایی (Efficiency) 59

2-5-10- روش تجزیه و تحلیل داده‌ها (روشهای آماری) 61

فصل سوم: نتایج

3-1- مقایسه اطلاعات دموگرافیک بیماران گروههای مورد مطالعه. 63

3-2- نتایج حاصله از برش انجمادی و رنگ آمیزی ایمنوهیستوشیمی.. 64

3-3- الکتروفورز نمونه‌های‌ RNA استخراج شده 66

3-4-  نتایج Real-time RT-PCR.. 67

3-4-1- مقایسه میزان بیان ژن آنزیم کاسپاز  8  در گروههای مورد مطالعه. 67

فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری

4-1- بحث… 70

4-2- نتیجه گیری.. 74

4-3- پیشنهادات… 74

منابع و مآخذ. 75

فهرست جداول

جدول(1-1) : تعریف نظری متغیرها به صورت جدول. 10

جدول(2-1): مواد شیمیایی مورد استفاده در استخراج RNA و انجام Real time PCR و IHC.. 44

جدول (2-2): دستگاه‌های استفاده شده در استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 45

جدول (2-3): مواد مورد استفاده در استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 45

جدول(2-4): مقادیر و مواد مورد نیاز برای انجام Real-time PCR.. 56

جدول (2-5 ): مراحل و دمای استفاده شده در Real Time PCR.. 57

جدول1-4.  اطلاعات دموگرافی بیماران گروه‌های مورد مطالعه. 63

جدول 3-2. اطلاعات مربوط به نتایج نیمه کمی ایمنوهیستوشیمی برای پروتئین آنزیم کاسپاز-8 در بیوپسی معده در دو گروه مورد مطالعه. 65

فهرست اشکال

شکل (1-1): شایعترین نوع آدنوکارسینومای معده (3) 3

شکل (1-2): گسترش آدنوکارسینومای معده در کل بافت معده و تبدیل آن به یک جسم پلاستیک مانند و غیرقابل اتساع (3). 4

شکل (1-3) : تومور سطحی و گسترده در موکوس معده (4). 4

شکل(1-4): مسیر داخلی و خارجی القاء آپوپتوزیس. 9

شکل 1-3.  نمودار منحنی ذوب  برای ژن کاسپاز-8 و ژن GAPDH.. 58

شکل 2-3. نمودار فاصله‌های CT  مربوط به رقت‌های مختلف استاندارد ژن کاسپاز-8. 60

شکل 2-3. نمودار استاندارد مربوط به ژن کاسپاز-8 که درآن  کارآیی منحنی استاندارد برابر با 10/1، Slope برابربا 094/3 و R^2 value برابر با 999/0 می‌باشد. 60

شکل (3-1): نتایج حاصل از روش برش انجمادی و رنگ آمیزی ایمنوهیستوشیمی. A) منفی، B)+/-، C) +، D) ++. 64

شکل 3-2.  منحنی مقایسه میانگین درصد پروتئین آنزیم کاسپاز-8 در گروههای مورد مطالعه. 66

شکل(3-3):الکتروفورز نمونه‌های‌ RNA استخراج شده 67

شکل 3-4.  منحنی مقایسه میانگین بیان ژن آنزیم کاسپاز-8 در گروههای مورد مطالعه. 68

فهرست نمودارها

نمودار(2-1): شمای کلی مراحل استخراج RNA و انجام Real time PCR.. 46